W dniu 25 listopada 1982 r. kard. Józef Glemp, arcybiskup metropolita gnieźnieński, Prymas Polski, erygował parafię pw. Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w Toruniu.
Z dniem 1 lutego 1983 r. proboszczem parafii został mianowany ks. Kazimierz Nowaczyk.
Dla nowej parafii, ks. prałat Józef Batkowski, ówczesny dziekan gniewkowski, wynajął na cele duszpasterskie pomieszczenia w domu jednorodzinnym, należącym do państwa Janiny i Piotra Zielińskich, przy ul. Marchlewskiego 74 (obecnie Hallera). Pierwsza Msza św. została odprawiona w środę popielcową, dnia 16 lutego 1983 r.
Tego samego roku, 8 września, w święto Narodzenia NMP, parafia otrzymała zezwolenie na budowę kaplicy. Jej budowa, na działce podarowanej przez panią Olgę Woźniak, przebiegała w zaskakująco szybkim tempie. Z końcem września zakończono prace związane z położeniem fundamentów, a już po trzech miesiącach, w dzień odpustu parafialnego – 8 grudnia 1983 r., biskup Jan Czerniak poświęcił kaplicę.
1 lipca 1985 r. proboszczem parafii został mianowany ks. Zbigniew Andrzejewski. Dzięki staraniom duszpasterza w dniu 5 czerwca 1986 r. pozyskano zezwolenie na budowę kościoła. Teren został ofiarowany przez państwo Genowefę i Henryka Baranowskich. Już tego samego dnia przystąpiono do pierwszych prac budowlanych.
Dnia 27 czerwca 1987 r. poświęcono fundamenty nowej świątyni i wmurowano kamień węgielny, który został wyjęty z fundamentów bazyliki pw. św. Wojciecha w Gnieźnie. Poświęcenia dokonał kard. Józef Glemp, Prymas Polski.
25 marca 1992 r. – na mocy bulli papieskiej Totus Tuus Poloniae Populus – parafia wraz z dekanatem Toruń – Podgórz została włączona do nowo utworzonej Diecezji Toruńskiej.
Dnia 31 października 1993 r. kościół został oddany do użytku wiernych i rozpoczęto w nim regularne sprawowanie nabożeństw. Jednocześnie zapoczątkowano prace związane z przebudową dotychczasowej kaplicy na dom parafialny.
Do najważniejszych przeżyć religijnych, które przyczyniły się do umocnienia wspólnoty parafialnej, należy zaliczyć:
- nawiedzenie relikwii św. Wojciecha w dniach 7 – 8 maja 1994 r.;
- wizytę Apostolską Ojca Świętego Jana Pawła II w Toruniu, dnia 7 czerwca 1999 r.;
- Misje Ewangelizacyjne przed Wielkim Jubileuszem Roku 2000, które odbyły się w dniach 9 – 17 października 1999 r.;
- nawiedzenie kopii obrazu Jezusa Miłosiernego, dnia 24 września 2002 r.;
- poświęcenie nowej świątyni, którego dokonał Andrzej Suski, Biskup Toruński, w dniu 24 września 2000 r.;
- obchody jubileuszowe 25-lecia istnienia parafii, pod przewodnictwem Biskupa Toruńskiego, w dniu 08 grudnia 2007 r.;
- Misje Parafialne, przeprowadzone w dniach 18 – 26 września 2010 r.
- W roku 2011 parafia włączyła się w ogólnopolską akcję duszpasterską pod nazwą „Noc konfesjonałów”.
- W dniach 10 – 11 września 2012 r. przeżywaliśmy pod przewodnictwem Biskupa Toruńskiego Andrzeja Suskiego Nawiedzenie Wizerunku Matki Bożej Częstochowskiej. Peregrynacja poprzedzona została rekolekcjami prowadzonymi przez Ojców Paulinów.
Od 2011 roku przeprowadzono następujące inwestycje:
- Przy budynku kościoła:
- 2 lipca 2011 r. rozpoczęto prace tynkarskie kościoła parafialnego, a zakończono 26 stycznia 2012 roku.
- wykonano nowy krzyż misyjny;
- wymiana oświetlenia (żarówki ledowe);
- rodzina ks. Krzysztofa Olasia – z okazji święceń kapłańskich – ufundowała dla kościoła drewnianą figurę Matki Bożej Niepokalanie Poczętej – patronki parafii;
- biuro parafialne zostało wyposażone w nowe umeblowanie;
- zakupiono przenośne nagłośnienie procesyjne;
- zakupiono nagłośnienie dla scholi parafialnej;
- zakupiono nowy piec do ogrzewania kościoła;
- przesunięto ambonkę, co poszerzyło strefę liturgiczną w prezbiterium;
- umieszczono obraz św. Jana Pawła II;
- przygotowano stałe miejsce dla relikwiarza Świętego;
- podjęto wymianę ławek – według pierwotnego wzoru.
- Przy domu parafialnym:
- odbudowano zniszczone przez czas i erozję kominy i kanały wentylacyjne;
- wymiana oświetlenia (żarówki ledowe);
- zakupiono nowy piec do ogrzewania plebanii;
- pokryto nową warstwą papy dach plebanii, wykonano nowe opierzenia z blachy ocynkowanej;
- częściowo wymieniono rynny i rury spustowe;
- ocieplono watą mineralną poddasze budynku;
- ocieplono styropianem ściany budynku;
- wykonano barwną elewację, upodobnioną kolorystycznie do budynku kościoła;
- na poziomie parteru i piwnicy – wymieniono okna na plastikowe;
- wykonano czwarty garaż pod budynkiem;
- wszystkie garaże zostały wyposażone w automatyczne bramy garażowe;
- ułożono nowe podjazdy do garaży z kostki polbrukowej oraz uzupełniono fragment chodnika przy plebanii.
